【11月19日締切】令和8年度物流効率化推進事業（二次公募）｜最大1,000万円・国土交通省の補助金

国土交通省は、令和8年度「物流効率化推進事業」の二次公募を開始しました。

本事業は、物流業界の人手不足への対応や温室効果ガス（CO2）の排出削減を目的として、荷主企業と物流事業者等が連携して取り組む物流効率化を支援する国の補助金です。

トラック輸送から鉄道・船舶等への転換（モーダルシフト）、幹線輸送の集約化、共同配送、中継輸送などに関する計画策定経費や運行経費の一部が補助されます。

今回の二次公募では、新たに「貨物自動車中継輸送実施計画」に関する事業も補助対象に追加されました。

応募締切は令和8年11月19日（木）17時必着です。

本記事では、補助対象者、補助対象事業、補助率・補助上限額、申請方法、注意点について解説します。

1．物流効率化推進事業とは

物流効率化推進事業は、物流効率化法に基づき、荷主企業や物流事業者等が共同で行う物流の効率化を支援する制度です。

物流業界では、トラックドライバーの不足、長時間労働、輸送コストの増加などへの対応が求められています。

本事業では、複数の企業が協力して輸送方法を見直すことにより、輸送効率の向上、労働力不足への対応、CO2排出量の削減を図ります。

具体的には、次のような取組が対象となります。

• トラック輸送から鉄道・船舶等へのモーダルシフト
• 複数の荷主による貨物の共同輸送
• 幹線輸送の集約化
• ラストワンマイル配送の効率化
• トラックドライバーの負担軽減につながる中継輸送
• 物流業務における省人化・自動化の推進

なお、本制度は国土交通省が実施する国の補助金であり、大分県内の事業者も要件を満たせば対象となり得ます。

2．補助金の概要

注意：補助金は審査によって採択される制度であり、応募すれば必ず交付されるものではありません。

3．補助対象となる事業者

補助対象となるのは、荷主企業及び物流事業者等、物流に関係する事業者によって構成される協議会です。

主な関係事業者として、次のような企業が考えられます。

• 一般貨物自動車運送事業者
• 貨物利用運送事業者
• 鉄道貨物輸送事業者
• 海上運送事業者
• 港湾運送事業者
• 倉庫業者
• 製造業・卸売業・小売業等の荷主企業

ただし、これらの事業者であれば単独で申請できるという意味ではありません。

原則として、物流効率化に取り組む関係者が協議会を構成し、所定の認定を受ける必要があります。

4．補助対象事業と補助率・補助上限額

今回の公募では、次の7つの事業が対象となります。

① 総合効率化計画策定事業

物流効率化法に規定される総合効率化計画を策定するための調査事業です。

• 計画策定のための調査経費：定額・上限200万円
• 省人化・自動化機器導入等に係る計画策定・実証調査経費：補助率1/2以内・上限300万円
• 合計上限：500万円

② モーダルシフト推進事業

トラックによる陸上輸送から、鉄道・船舶等を活用した輸送への転換などにより、CO2排出量の削減を図る事業です。

③ 幹線輸送集約化推進事業

複数荷主の貨物を集約し、トラックの積載率向上や走行車両台数の削減を図る事業です。

④ ラストワンマイル配送効率化推進事業

最終配送拠点から届け先までの配送について、共同配送や貨客混載等により効率化を図る事業です。

⑤ 中継輸送推進事業

長距離のトラック輸送を複数のドライバーで分担するなど、運転者の負担軽減につながる中継輸送を推進する事業です。

②～⑤の補助額は次のとおりです。

• 対象となる運行経費：補助率1/2以内・上限500万円
• 省人化・自動化機器の対象となるリース・レンタル経費：補助率2/3以内・上限500万円
• 合計上限：1,000万円

⑥ 貨物自動車中継輸送実施計画策定事業

物流効率化法に規定される貨物自動車中継輸送実施計画を策定するための調査事業です。

補助率：定額・上限200万円

⑦ 貨物自動車中継輸送事業

認定された貨物自動車中継輸送実施計画に基づき、特定貨物自動車中継輸送施設で運転者の交代や貨物の受渡しを行い、ドライバーの負担軽減等を図る事業です。

補助率：1/2以内・上限500万円

⑥及び⑦には、上記の省人化・自動化機器に係る追加補助枠は設けられていません。

5．補助対象となる主な経費

補助対象経費は事業区分により異なりますが、主に次のような経費が対象となります。

なお、実施要領では、補助の申請等に係る事務経費、他の同種補助事業で申請した経費、事業と関係のない経費等は対象外とされています。

中継輸送の運行経費についても、対象となる費用が限定されており、燃料費は原則として対象外です。

6．二次公募で追加された支援内容

今回の二次公募では、改正物流効率化法で新設された貨物自動車中継輸送実施計画に関連して、次の支援が追加されました。

• 貨物自動車中継輸送実施計画の策定に必要な調査経費への支援
• 認定された貨物自動車中継輸送実施計画に基づく初年度の運行経費への支援

これにより、長距離トラック輸送における運転者の交代や貨物の受渡しを活用した中継輸送についても、補助金を利用できる可能性が広がりました。

ただし、実施計画の策定・認定や補助対象経費等について要件が定められていますので、申請前に確認する必要があります。

7．優先採択の対象となる取組

応募要項では、次のような取組を重点施策として、優先的に採択する方針が示されています。

• 荷主や輸送事業者の連携による輸送の平準化・標準化
• 複数企業による混載や帰り荷を確保したモーダルシフト
• 過疎地域や施設内等における共同配送
• 旅客鉄道やバス等の空きスペースを活用した貨客混載
• 鮮度保持機能を有するコンテナ等を活用した農産品輸送の効率化
• 中継輸送や省人化・自動化機器を活用した物流の効率化
• 物流企業間の協調的投資や事業再編を伴う効率化

ただし、重点施策に該当しない取組についても採択の対象となります。

事業計画では、取組の新規性、実現可能性、継続可能性、CO2排出削減効果、省力化効果などを具体的に示すことが重要です。

8．申請に必要な主な書類

応募に当たっては、事業区分に応じて、次のような書類を提出します。

• 物流効率化推進事業計画（該当する様式1-1～1-7）
• 物流効率化推進事業費補助金交付申請書
• 補助対象経費の算出根拠となる見積書・仕様書等
• 輸送実績や輸送経路等を確認できる資料
• CO2排出削減量及び省力化効果を記載した書類（該当事業）
• ドライバーの運送距離・拘束時間の削減量や運行効率の向上を記載した書類（該当事業）
• 協議会構成員の事業概要等、審査に必要な参考資料
• 振込先調書等の交付申請に必要な書類

必要書類は事業区分によって異なります。詳細は実施要領及び各事業の様式集をご確認ください。

9．応募期間と申請方法

応募期間：令和8年11月2日（月）から令和8年11月19日（木）17時まで（必着）

応募書類は、事業計画の主たる実施地域を管轄する地方運輸局等へ郵送又は電子メールで提出します。

電子メールで提出する場合は、申請書類をPDF形式に変換するほか、送信後に担当部署へ電話連絡し、メールと添付書類の到着を確認する必要があります。

応募期限までにメールの到着及び電話による確認ができない場合は、審査対象になりませんのでご注意ください。

なお、総合効率化計画又は貨物自動車中継輸送実施計画の認定申請と補助金申請は、同時に提出することも可能です。

大分県の事業者の主な提出先

九州運輸局 交通政策部 環境・物流課
電話：092-472-3154

※事業計画の主たる実施地域によって提出先が異なるため、応募要項をご確認ください。

10．採択から補助金交付までの流れ

補助金は原則として後払いです。事業実施に必要な資金の確保にも注意が必要です。

11．申請に当たっての注意点

① 協議会の構成が必要です

本事業は、荷主企業や物流事業者等の連携を前提としています。申請に必要な協議会の構成や役割分担を確認してください。

② 法律に基づく計画認定が関係します

運行経費の補助を受ける場合は、事業区分に応じて総合効率化計画又は貨物自動車中継輸送実施計画の認定が必要となります。

③ 補助対象期間が短く設定されています

今回の公募では、交付決定が令和8年12月下旬頃、補助対象期間の終期が令和9年2月末とされています。

短期間で実施できる事業計画であるか、十分に確認しておく必要があります。

④ 実績を確認できる資料の保存が必要です

補助事業の実施状況や支出内容を確認するため、契約書、請求書、領収書、振込記録、輸送実績、機器の使用状況を示す資料等の管理が重要です。

⑤ 補助金申請の事務経費は対象外です

実施要領では、補助の申請等に係る事務経費は補助対象外とされています。

行政書士等へ申請書類作成を依頼する場合の費用についても、補助対象経費とは区別して検討する必要があります。

12．ミセイ行政書士事務所の補助金申請サポート

ミセイ行政書士事務所では、大分県内の事業者様を中心に、国・県・市町村の補助金申請に関するご相談を承っております。

物流効率化推進事業についても、申請要件や必要書類を確認した上で、対応可能な範囲をご案内いたします。

主なサポート内容は次のとおりです。

• 補助金の対象となる可能性の確認
• 応募要項・交付要綱・実施要領の確認
• 必要書類の整理
• 事業計画書の作成支援
• 補助金交付申請書類の作成
• 物流効率化法に基づく計画認定申請に関する書類作成支援
• 採択後の変更申請・実績報告等の書類作成支援

なお、輸送計画の技術的検討やCO2排出削減量・省力化効果の算定等は、事業者様や専門家から必要な情報をご提供いただきながら進めることになります。

また、申請書類の代理提出については、受付方法や委任状の要否等を担当機関に確認の上、対応いたします。

13．公式情報・公募要項

制度の詳細については、国土交通省の公式ページをご確認ください。

▶ 国土交通省「物流効率化推進事業」公式ページ

▶ 令和8年度物流効率化推進事業（二次公募）募集開始のお知らせ

公式ページには、応募要項、交付要綱、実施要領、申請様式等が掲載されています。

申請に当たっては、必ず最新版の公募資料をご確認ください。

14．関連ページ

ミセイ行政書士事務所では、国・大分県・市町村の補助金情報を随時掲載しています。

▶ 国の補助金一覧はこちら

▶ 補助金申請のサポート内容・料金はこちら

▶ ミセイ行政書士事務所トップページはこちら

15．補助金申請のご相談・お問い合わせ

※本記事は令和8年11月4日時点の国土交通省公表資料に基づいて作成しています。制度内容や受付方法等が変更される場合がありますので、申請時には必ず公式情報をご確認ください。

目次